Prowadzenie apteki wiąże się uzyskiwaniem specyficznych dla tej działalności przychodów gospodarczych. Oprócz przychodów osiąganych ze sprzedaży leków mamy tu do czynienia z przychodem, jakim jest otrzymana z NFZ refundacja.
Odwiecznym problemem w przypadku prowadzenia apteki jest poprawne określenie chwili powstania przychodu. Już w 1999 roku Ministerstwo Finansów wydało postanowienie w tej sprawie, gdzie na podstawie art. 14 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych za przychód z działalności uważa się kwoty należne, choćby nie zostały faktycznie otrzymane, po wyłączeniu wartości zwróconych towarów, udzielonych bonifikat i skont. Dodatkowo u płatników dokonujących sprzedaży towarów i usług opodatkowanych podatkiem od towarów i usług za przychód z tej działalności uważa się przychód pomniejszony o podatek należny od towarów i usług. W związku z czym za datę powstania przychodu traktuje się tu dzień wydania produktu, zbycia prawa majątkowego bądź wykonania usługi.
Do przychodów zgodnie z art.14 ust. 2 pkt. 2 zalicza się także dotacje i inne bezpłatne świadczenia otrzymane na pokrycie kosztów lub jako zwrot wydatków, zaliczanych do przychodu w czasie ich faktycznego otrzymania. Zatem przychodem apteki jest obrót wygenerowany ze sprzedaży leków i artykułów medycznych pomniejszony o refundowaną należność. Refundacja zostaje potraktowana jako przychód dopiero w czasie jej otrzymania, czyli np. przelania jej przez NFZ na konto firmy.
Kasy rejestrowe wykorzystywane w aptece umożliwiają wyszczególnienie, który lek i w jakiej części jest refundowany, a oprogramowanie komputerowe umożliwia sporządzenie dziennych i miesięcznych zestawień bonifikat, na podstawie których sporządzany jest potem wydruk dla NFZ. Sprzedaż towarów refundowanych skutkuje wykazaniem na paragonie fiskalnym nie tylko wartości kwoty, którą nabywca powinien uiścić, bonifikaty (części refundowanej) oraz kwoty, którą faktycznie zapłacono. Dlatego poprawnym działaniem jest pomniejszanie przychodu o kwotę refundowanej należności.
W przypadku podatku VAT moment powstania obowiązku podatkowego następuje z chwilą wydania towaru lub wykonania usługi (art. 19 ust.1 ustawy o VAT). Jednak w przypadku refundacji zastosowanie ma art. 19 ust. 21 traktujący, iż obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. Dlatego zasadne jest pomniejszenie całkowitej wartości obrotu o kwotę należnej aczkolwiek nieotrzymanej jeszcze refundacji, która stanie się przychodem dopiero w momencie jej otrzymania przez podatnika.
Rozliczając refundację trzeba zastosować stawkę obowiązującą dla refundowanych leków, które są przedmiotem obrotu apteki. Warto pamiętać, aby wystawiać na nią fakturę wewnętrzną.