Nieterminowa płatność przedpłat na podatek dochodowy i naliczane wzwiązku z tym odsetki Zaliczki należy uważać za równe z podatkiem . Dlatego też z chwilą nieuregulowania zaliczek w określonym czasie będziemy mieć zaległości podatkowe, od których będziemy zobligowani zapłacić naliczone odsetki. W tym przypadku nieistotny jest fakt, że kwota głównego zobowiązania podatkowego jest już obecnie uregulowana w całości. Nie zawiera ona bowiem odsetek naliczonych od zaliczek uregulowanych po ustalonym terminie do spłaty.
Zgodnie z art. 53a § 1 Ordynacji podatkowej, w momencie gdy w postępowaniu podatkowym po skończonym roku podatkowym lub innym okresie rozliczeniowym organ podatkowy orzeknie, że podatnik nie uiścił zaliczek w całości lub w części, organ ten wydaje decyzję, w której określa wysokość odsetek za nieterminowość na dzień oddania deklaracji podatkowej za rok podatkowy lub inny okres rozliczeniowy, a w momencie niedostarczenia zeznania w terminie - odsetki na ostatni dzień terminu złożenia zeznania, przyjąwszy prawidłową wysokość zaliczek na podatek.
Warto jednak zaznaczyć, że odsetki od nieuiszczonych o wyznaczonym czasie zaliczek na podatek dochodowy są naliczane tylko do czasu, w którym podatnik składa zeznanie roczne , albo do dnia, w którym podatnik powinien złożyć takie zeznanie. Z upływem tego terminu odsetki zaczynają być naliczane od zaległości głównej a nie od zaliczek (z chwilą kiedy ona także nie została zapłacona o wyznaczonym czasie).