Faktura wystawiona elektronicznie powinna zawierać informacje określone w rozporządzeniu Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym płatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania. Kilka słów o e-fakturach.
Dokumenty generowane w formie elektronicznej nie muszą zawierać oznaczenia oryginał i kopia. W związku z tym mogą być sporządzane jako jeden dokument. Dostawca po wysłaniu tego dokumentu droga elektroniczną zachowuje go w swojej dokumentacji a nabywca w swojej.
Szczegółowe regulacje w sprawie wystawiania e - faktur ustawodawca określił w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania i wysyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania i udostępniania organowi podatkowemu bądź organowi kontroli skarbowej tych faktur.
Poza standardowym wystawianiem e - faktur istnieje możliwość wystawiania tychże dokumentów przez nabywcę. Jednym z wymogów jest terminowe przedstawienie do akceptacji faktury VAT dostawcy. Jednak kiedy istnieją przeszkody uniemożliwiające dostawcy akceptację w formie elektronicznej, dokonuje jej czytelnym podpisem na wydruku tej faktury.
Poza wystawioną elektronicznie fakturą istnieje możliwość generowania elektronicznej noty korygującej. Warto pamiętać, iż akceptacja takiej noty musi być wyrażona przez wystawcę faktury też w formie elektronicznej, chyba że stoją na przeszkodzie czynniki formalne lub techniczne. Wystawca faktury dokonuje w takim przypadku akceptacji poprzez czytelny podpis na wydruku tej noty.
Przepisy regulują także, jakie warunki powinien spełnić wystawca faktury przed wystawieniem e-faktury dla swojego kontrahenta. Musi on bezwzględnie uzyskać akceptację ze strony odbiorcy na tę formę wystawiania dokumentów. Zgoda może być udzielona w formie pisemnej czy w formie elektronicznej podpisana bezpiecznym podpisem elektronicznym. Brak takiej zgody uniemożliwia przygotowanie faktur w postaci elektronicznej.
Prawodawca określił moment powstania prawa do obniżenia kwoty podatku należnego w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę bądź dokument celny. Za moment otrzymania można uznać moment wejścia e-faktury na serwer pocztowy odbiorcy. Wystawcy i odbiorcy e-faktur muszą wiedzieć, że dostarczanie faktur wystawionych elektronicznie na dyskietce lub na CD nie spełnia przepisów dotyczących przygotowywania e-faktur.
Istotną informacją dla podatników korzystających z e-faktur jest sposób przechowywania tych dokumentów, jakie określił w rozporządzeniu ustawodawca. Podstawową zasadą jest przechowywanie tych dokumentów na terytorium Rzeczpospolitej. Powinny one być w ten sposób przechowywane, by w każdej chwili istniała możliwość ich wydrukowania. Poza tym musi istnieć stały i pełny dostęp do nich drogą elektroniczną, w tej samej formie i formacie, w którym zostały przesłane. Przez cały okres przechowywania musza być czytelne.
Tak jak dokumenty wystawione w wersji papierowej okres przechowywania e-faktur ma związek z upływem terminu przedawnienia się zobowiązania podatkowego – 5 lat od końca roku ,w którym upłynął termin płatności podatku.